En août 1858, lorsque la Société d’économie politique s’occupe une nouvelle fois de la question de l’Algérie, le malaise est perceptible, et le compte-rendu très bref de cette séance en donne la mesure. Même étudiée du point de vue de la liberté des échanges, la colonie algérienne ne peut manquer de faire naître des controverses. Il y a des opinions, soutiennent certains orateurs, qui n’ont peut-être pas leur place soit dans le Journal des économistes, soit à la Société d’économie politique. La discussion, de ce point de vue, n’était pas aisée, et l’opinion anti-coloniale française, à cette époque, devait subir des circonstances provisoirement contre elle.

En mai 1850, la discussion de la réunion mensuelle de la Société d’économie politique s’engage d’abord sur la question controversée de l’Algérie. De cela, pourtant, le compte rendu officiel dresse un portrait assez discret. « M. Wolowski et quelques autres membres », lit-on, « ont échangé diverses observations au sujet de l’annexion économique de l’Algérie. » La défense du libre-échange en Algérie fait l’objet d’un rapport plus circonstancié. De même, quand la discussion bifurque ce jour-là sur le point précis de la marque obligatoire sur les produits de l’industrie, on sent un soulagement général, et le compte-rendu peut ainsi achever un rapport très court sur cette séance, par des considérations enfin un peu consensuelles.

En 1863, la Société d’économie politique s’occupe, après avoir validé une élection interne, du sujet controversé de la colonisation en Algérie. Le point de vue adopté est assez consensuel, il s’agit du régime de la propriété, où les libéraux peuvent élaborer leurs idées dans un cadre assez commun. La discussion, cependant, ne sera jamais publiée. Le Journal des économistes du même mois invoque un manque de place, rejette la discussion au mois suivant, et finalement n’y reviendra jamais. De toute évidence, la discussion ne fut pas plaisante, et il fut jugé que sa publication et une publicité donnée à certaines idées était à éviter.